Desa Cihonje merupakan nama yang diambil dari salah satu Grumbul atau pedukuhan yang ada di Desa ini. Meskipun nama desanya berawalan dengan suku kata Ci, tetapi bahasa sehar-hari yang digunakan bukan merupakan bahasa sunada tatapi Bahasa Jawa Banyumasan.Desa ini pertama kali didiami melintas balik ke era tahun 1800-an dimana ada perajurit dakam perang Diponegoro yang ikut berperang di Batavia dan kemudian tertinggal dari dari pasukan serta memutuskan untuk tinggal didesa ini. Sejarah dalam versi lain menceritakan bahwa nenek moyang warga Cihonje berasal dari daerah Gumelem, Kecamatan Susukan, Kabupaten Banjarnegara.